Tendo feitos os estudos no seminário da Diocese do Porto, foi ordenado presbítero, na Sé Catedral do Porto, em 7 de Agosto de 1949. No dia 15 de Agosto seguinte, na Igreja Paroquial de Aboim, celebrou a sua Missa Nova.
Iniciou a sua actividade pastoral como coadjutor da paróquia de Campanhã, tendo sido depois assistente diocesano nas diversas associações da Acção Católica e director espiritual do Seminário de Vilar.
Anos depois foi para Roma, onde conhece o famoso Padre Lombardi, fundador do Movimento por Um Mundo Melhor, do qual virá a ser responsável no nosso país entre 1960 e 1967.
A 27 de Abril de 1967, o Papa Paulo VI nomeou-o Bispo de Nampula, em Moçambique. A 29 de Junho, na Igreja da Trindade, no Porto, uma “imensa multidão de fiéis assistiu à sagração episcopal de D. Manuel Vieira Pinto”, anunciava o jornal católico Novidades. Dois dias passados, a 2 de Julho, foi solenemente recebido na Igreja Paroquial da sua aldeia natal, a freguesia de Aboim, que então festejava S. Pedro, o padroeiro local.
Tomou posse da diocese de Nampula em 24 de Setembro desse mesmo ano. Nesse período escreveu diversas cartas pastorais e uma razoável quantidade de reflexões socio-políticas baseadas nos acontecimentos que então se desenrolavam em Moçambique, e de que se destacam «Caminhos de novas estruturas missio-pastorais», «Na hora da viragem» e «Das missões à Igreja local».
Mas os documentos que maior influência tiveram na vida política, social e religiosa da sua diocese e de Moçambique, foram «Repensar a guerra» (Janeiro de 1974) e «Imperativo de consciência» (12 de Fevereiro de 1974) - assinado pelo Bispo e pelos missionários combonianos a trabalhar no Norte de Moçambique (34 padres, 19 irmãos e 41 irmãs).
Aquelas cartas pastorais, o seu firme posicionamento em defesa dos direitos das populações autóctones, a condenação do colonialismo e da guerra colonial, a defesa do direito à autodeterminação do povo moçambicano, valem-lhe a expulsão de Moçambique, a 14 de Abril de 1974, tendo-lhe sido fixada residência no Cartaxo.
Nos primeiros dias após o 25 de Abril de 1974, o General António Spínola convidou-o a integar o Conselho de Estado, o que recusa.
Regressado a Moçambique, foi eleito Presidente da Conferência Episcopal de Moçambique (CEM), em 1 de Janeiro de 1975.
No Moçambique pós-independência, continuou a bater-se pela dignidade, pelos direitos e pelas liberdades do povo moçambicano. Nesse contexto, teve várias entrevistas com dirigentes do país, incluindo os Presidentes Samora Machel e Joaquim Chissano.
Lutou por todos os meios ao seu alcance pelo fim da guerra entre a Frelimo e a Renamo, cujas atrocidades denunciou publicamente. Em Maio de 1984, numa entrevista com o Presidente Samora Machel, falou-lhe abertamente da guerra civil fratricida e propôs-lhe o início urgente de negociações políticas com a Resistência.
Ainda que discretamente, teve um importante papel no processo de mediação e das negociações para a paz em Moçambique. Mesmo depois de realizado o processo eleitoral em Moçambique, encontrou-se com Afonso Diakhama a fim de garantir a aceitação dos resultados eleitorais por parte da Renamo, com o sentido de preservar a paz a todo o custo.
Por ocasião da Homenagem Nacional que lhe foi promovida no Porto, a 31 de Outubro de 1992, pelo Presidente da República Dr. Mário Soares, seria agraciado com a Ordem da Liberdade.
Em 21 de Novembro de 1992, a Câmara Municipal de Amarante atribuiu-lhe a Medalha de Ouro do Município.
De Dezembro de 1992 até Janeiro de 1998 exerceu as funções de Administrador Apostólico de Pemba (antiga Porto Amélia), em Moçambique.
No ano de 1995 e seguintes, tem uma acção destacada na instalação da Universidade Católica em Moçambique, a cuja direcção pertencerá.
Arcepispo resignatário da Arquidiocese de Nampula, com o título de Arcebispo Emérito, desde 16 de Novembro de 2000.
Em 8 de Dezembro de 2003, por ocasião do seu 80º aniversário, foi homenageado na sua terra natal – Aboim (Amarante), por iniciativa do periódico local “Jornal da Terra”. No acto, foi descerrada uma placa comemorativa na casa onde nasceu e o seu nome foi atribuido ao Largo defronte da Igreja Paroquial de Aboim.
Idoso e doente, actualmente reside na Casa Sacerdotal da diocese do Porto, na mesma cidade.
Pode escutar aqui uma das ultimas entrevistas de D. Manuel Vieira Pinto, concedida ao programa “Grande Júri” da rádio TSF, a 9 de Março de 2002.
Deveríamos estudar e aprofundar o trabalho realizado por este nosso Homem, que transcende em profetismo realístico a missão que incumbe a um Cristão. Foi e é um dos exemplos de como se deve lidar e interpretar qualquer ideologia política ou religiosa. Muito Bom.
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